Pháo đài Jaisalmer ngày nay phải đối mặt với những nguy cơ khác nhau là kết quả của sự gia tăng về dân số. Thấm nước, các tiện nghi công cộng không đầy đủ, nhà ở bỏ hoang và hoạt động địa chấn xung quanh đồi Trikuta là một số mối quan tâm chính ảnh hưởng đến Pháo đài. Không giống như hầu hết các pháo đài khác, pháo đài Jaisalmer được xây dựng trên một chân đồi trầm tích yếu, làm cho nền tảng của nó đặc biệt dễ bị thấm. Trong những năm qua, điều này đã dẫn đến sự sụp đổ của một phần quan trọng của Pháo đài như cung điện của Nữ hoàng hoặc Rani Ka Mahal và các phần của bức tường ranh giới bên ngoài và các bức tường thấp hơn.[5]

Quỹ Di sản Thế giới đã đề cập đến các mối đe dọa gây ra bởi sự gia tăng dân số trong nước và số lượng khách du lịch đến thăm nó hàng năm trong báo cáo năm 1996, 1998 và 2000.[16] Pháo đài là một trong những điểm thu hút khách du lịch nổi tiếng nhất của Rajasthan với khoảng năm đến sáu trăm ngàn khách du lịch đến thăm nó hàng năm. Kết quả là, nó bị ô nhiễm tiếng ồn với các hoạt động thương mại và xe cộ.[5]

Các công trình khôi phục chính đã được thực hiện bởi Quỹ Di sản Thế giới và tổ chức từ thiện Jaisalmer của Vương quốc Anh ở Jeopardy. Theo cựu Chủ tịch INTACH S.K. Misra, American Express đã cung cấp hơn 1 triệu đô la cho việc bảo tồn pháo đài Jaisalmer.[17] Sự vắng mặt của hành động phối hợp giữa các cơ quan chính phủ khác nhau chịu trách nhiệm về các tiện nghi công cộng, khu đô thị địa phương và Khảo sát Khảo cổ học chịu trách nhiệm bảo dưỡng bảo trì của pháo đài là một trở ngại lớn trong việc duy trì và phục hồi.[5]